اگر چه وابستگی استان خراسان جنوبی به آب در درجه اول به منابع آب زیرزمینی است اما رودهایی نیز در این استان وجود دارند که مورد بهره‌برداری قرار می‌گیرند. به علت بارش محدود، کم‌آبی از شمال به جنوب استان خراسان جنوبی شدیدتر می‌شود. بسیاری از رودها در سرشاخه‌ها آب دائمی دارند ولی در جنوب به کمترین مقدار خود می‌رسد. مهم‌ترین رودهای استان که در چهار حوضه آبریز اصلی جریان دارند عبارت از رود شور قائن، رودخانه حاجی‌آباد، رود زو، رود بلده، رودخانه فخرود، رود بندان و رودخانه شور بیرجند هستند.
رود شور قائن (کال دونخ): رود شور بزرگ‌ترین رود شهرستان قائنات است که به نمکزار خواف (حوضه آبریز شرق) می‌ریزد. این رود از ارتفاعات غرب و جنوب غربی شهرستان قائنات سرچشمه می‌گیرد و از به هم پیوستن رودهای شاخن، رود باز، کال خونیک و رود آلنج به وجود می‌آید. این رودخانه در جهت شمال شرقی جریان می‌یابد و پس از مشروب ساختن روستاهای فرخی، امیرآباد و ابراهیم‌آباد در شمال شرق قائنات، از استان خراسان جنوبی خارج شده و وارد نمکزار خواف می‌شود. طول این رودخانه ۲۶۰ کیلومتر است و به علت عبور از زمین‌های شور، آب آن نامطلوب است.
رودخانه حاجی‌آباد (رود بمرود یا خوشبخت): این رود از ارتفاعات جنوب شرق شهرستان قائن (کوه‌های زهان) سرچشمه می‌گیرد و سرشاخه‌های اصلی آن عبارتند از رود مولید، رود علی‌آباد، رود شور و رود افین. این رودخانه پس از مشروب ساختن اراضی روستاهای کبودان، زهان و افین به سد مخزنی حاجی‌آباد در ۵ کیلومتری شهر حاجی‌آباد و در نهایت دق پترگان وارد می‌شود. طول این رودخانه ۱۳۵ کیلومتر است. با احداث سد حاجی‌آباد امکان کنترل سیلاب‌ها، توسعه کشاورزی و پرورش آبزیان به وجود آمده است.
رود زو: این رود از ارتفاعات شمال سرایان سرچشمه می‌گیرد و با احداث سد مخزنی شهید پارسا در ۲ کیلومتری روستای چرمه، امکان مهار این رود وجود دارد.
رود بلده (چهل): این رود از ارتفاعات کلات و تیرماهی در شهرستان فردوس سرچشمه می‌گیرد و پس از آبیاری اراضی باغستان و اسلامیه، به کال نمک می‌ریزد.
رودخانه فخرود: این رودخانه از ارتفاعات شمال غربی شهرستان درمیان در اطراف روستاهای نقنج و نگینان (کوه گینو) سرچشمه می‌گیرد و از مرکز دشت‌های بورنگ و درمیان (اسدیه) عبور می‌کند و به سد رزه (در ۳۵ کیلومتری جنوب شرق اسدیه) و در نهایت به دق تندی در افغانستان ختم می‌گردد. نزدیک‌ترین شهر به این رود شهر اسدیه است. طول این رودخانه تا مرز ۱۵۵ کیلومتر است و رودهای فرعی جاجنگ، خورشیدان، درمیان و زالیران به آن می‌پیوندد. با احداث سد زره بر روی این رودخانه ضمن کنترل سیلاب‌ها امکان تهیه آب برای کشاورزی نیز فراهم می‌شود.
رود بندان: این رود از کوه‌های بی بی مریم واقع در شرق شوسف سرچشمه می‌گیرد و به دریاچه هامون در مرز ایران و افغانستان می‌ریزد.
رودخانه شور بیرجند (شاهرود): این رودخانه که تنها رودخانه دائمی حوضه آبریز دشت لوت است از ارتفاعات شهرستان سربیشه سرچشمه می‌گیرد و پس از زهکشی دشت بیرجند و خوسف به رود گاریجگان می‌پیوندد و در نهایت به دشت لوت می‌ریزد. این رودخانه در حوالی بیرجند و خوسف به نام «شاهرود» یا «رود بیرجند» و در پایان «رود شور» نامیده می‌شود. طول این رودخانه ۲۸۰ کیلومتر است.
در استان خراسان جنوبی با احتساب سدهای کوچکی که وزارت جهاد کشاورزی ساخته است، مجموعا ۴۸ سد وجود دارد که از این بین ۷ سد اهمیت و گنجایش بیشتری نسبت به بقیه دارند. اطلاعات مجموعه ۴۸ سد در جدول ۸ ارائه شده است.
کریمان اولین خیریه تخصصی در حوزه آب است و اولویت ما کارهایی است که باعث احیاء قنات و آبرسانی برای مصارف شرب و کشاورزی می شود.
