در بخش زراعی استان خراسان جنوبی محصولاتی همچون گندم، جو، پنبه، حبوبات، محصولات جالیزی و گیاهان علوفهای کشت ميشوند. علیرغم افزایش آفات کشاورزی در تولید پنبه و مصرف آب فراوان این محصول این استان سومین تولید کننده پنبه در کشور است. همچنین این استان در تولید محصول پر آببر مانند چغندرقند نیز رتبه هشتم کشور را دارد.
استان خراسان جنوبی نقش قابل توجهی در تولید برخی از محصولات باغی کشور دارد؛ به طوری که این استان صاحب ۹۸ درصد سطح کشت عناب و زرشک کشور است که از این سطح کشت ۹۸ درصد عناب و ۹۶ درصد زرشک کشور تولید میشود. از سوی دیگر با میانگین سالانه ۴۵ تن زعفران، این استان دومین تولید کننده زعفران ایران محسوب میشود و ۲۳ درصد اراضی کشت زعفران ایران در این استان واقع شده است.
در این استان ۸۰۰ گونه گیاه دارویی شناسایی شده که ۷۰ مورد آن چون گیاهان چوبک، بومادران جنوبی، ناز بیابانی، سوگند بیرجندی، شصت عروس، مستار، زیبا کوتوله، اسکن بیل خراسانی و پیچک درختچهای از گونههایی نادر هستند. عمده ترین گیاهان دارویی استان شامل آنغوزه، شیرینبیان، وشاء، آویشن، خاکشیر، زیره سبز، کلپوره، درمنه، بومادران، بابونه، کما، آلوئه ورا، سماق، نعنا فلفلی و نعنای محلی، بهلیمو، اسطخودوس، رزماری، کتیرا، بادام کوهی، هزار خار، سیاه گینه، چرخه، عجوه، جوبک هراتی، باریجه، بنه، ورک، ارمک، قدومه، جعده، گرگ تیغ، چلیپای بیابانی، قلیانک و اسفند رومی است. مهمترین محصول کشاورزی خراسان جنوبی زعفران (طلای سرخ) است. سطح زیر کشت این محصول بیش از ده هزار هکتار و میزان تولید سالیانه آن حدود ۵۰ تن میباشد و تعداد بهرهبرداران تولید زعفران در استان ۳۸ هزار نفر است. مرغوبترین زعفران جهان در این استان تولید میشود و زعفران منطقه قائنات به ویژه در مناطق کوهستانی چه به لحاظ قدرت رنگدهی (کروسین)، چه به لحاظ عطر (اجزاء سافرانال) و چه به لحاظ طعم (پیکروکروسین) در جهان بینظیر است. بیشترین سطح زیرکشت زعفران در خراسان جنوبی نیز به شهرستان قاین اختصاص دارد. استفاده از آب شیرین برای آبیاری، استفاده نکردن از کود شیمیایی، مهارت و تجربه کشاورزان، برداشت زعفران در صبح زود و نگهداری مناسب این محصول مهم را از دلایل مرغوب بودن زعفران قائنات است. زعفران استان خراسان جنوبی مشتریان زیادی در کشورهای همچون آلمان، آمریکا، اسپانیا و حاشیه خلیج فارس دارد.
