حفظ محیط زیست به عنوان پناهگاه انسان و دیگر موجودات، یکی از مهمترین ابعاد توسعه است. محیط، بستر برنامه‌ریزی است. انسان‌ها بر پایه سطح تکنیک، میزان سرمایه، ایدئولوژی، فرهنگ و مدیریت خود در محیط دخالت و از آن بهره‌برداری می‌کنند. در حالی که برای دستیابی به توسعه می‌بایست بینش محیطی داشت، متاسفانه قرن بیستم قرن نابودی محیط‌زیست بوده است. در آن قرن، توسعه اقتصادی در بیشتر موارد از توسعه فرهنگی پیشی گرفت و این امر سبب شد که محیط‌زیست در همه ابعادش (هوا، آب، خاک و …) به نابودی سوق داده شود. در واقع، در قرن گذشته، انسان هم عامل و هم قربانی تخریب محیط‌زیست بود. آب یکی از عناصر اصلی محیط‌زیست است و قنات به عنوان یک منبع آبی، نقشی کارساز در بعد زیست‌محیطی توسعه پایدار مناطق خشک و نیمه‌خشک بازی می‌کند. در توسعه این نواحی، توجه به ساختارهای بومی گریزناپذیر است.
بر این پایه، قنات فنی سازگار با ساختار بومی این نواحی است. پدیده‌ای که کم و کیف زندگی در بسیاری از مناطق گرم و خشک کشور ایران به آن وابسته بوده و عنصری راهگشا در توسعه به شمار می‌آید. قنات از راه پیوند دادن انسان با طبیعت به گونه معقول و منطقی، زمینه‌ساز توسعه اکولوژیک و پایدار می‌شود. این پدیده تکنولوژیک، عنصری مهم در تنظیم درست جریان تخلیه آب‌های زیرزمینی به شمار می‌آید. قنوات، با حفظ شرایط طبیعی هیدرولوژیک آبخوان‌ها در مواقع پر آبی و یا در مناطق زه‌دار به عنوان سرریز عمل می‌کنند و در مواقع کم آبی با کاهش تخلیه آب با حفظ ذخایر آب زیرزمینی، خود را با شرایط آبخوان سازگار می‌سازد. در حالی که چاه‌ها، با برداشت بی‌رویه و ایجاد مخروط افت و مکش‌هایی که در این شرایط در آب بین ذرات آبخوان ایجاد می‌کند، به مرور زمان شرایط هیدرودینامیک آبخوان را تغییر می‌دهند. بدین صورت رژیم طبیعی آبخوان پس از مدتی تغییر می‌کند و امکان بازگشت به شرایط اولیه را نیز سلب می‌کنند. حریم حفاظتی قنوات، یکی از عوامل تثبیت سازگاری با آبخوان و کنترل شرایط طبیعی آن است.
به علت استخراج فزاینده از منابع آب زیرزمینی از راه چاه‌های عمیق، سطح ایستایی آب‌های زیرزمینی را با کاهش زیادی روبه‌رو نموده است. افت پیوسته آب زیرزمینی گذشته از افزایش هزینه استخراج آب، نفوذ آب‌های شور، نشست زمین و ترک خوردن خاک، موجب خالی شدن رفته‌رفته منبع آب زیرزمینی شده و در نهایت با تخلیه کامل منبع، ممکن است سبب تعطیل شدن طرح‌هایی شود که بر بهره‌برداری از آب زیرزمینی استوار است. از این رو از ذخیره آب زیرزمینی باید به گونه‌ای بهره جست که بتوان پیوسته از آن سود برد. در این راستا، بهره گیری از قنات، مناسب ترین گزینه است. در مجموع، آثار زیست‌محیطی قنات‌ها در توسعه پایدار مناطق خشک و نیمه خشک را می‌توان در برگیرنده موارد زیر دانست:
- ایجاد رابطه معقول و منطقی با طبیعت
- سرسبز شدن محیط خشک و نیمه خشک دشت‌ها
- پایین نیامدن سفره‌های آب زیرزمینی
- دگرگون نشدن وضع آبخوان و حالت طبیعی محیط و ایجاد تعادل بیولوژیک و جلوگیری از تخریب منابع طبیعی از جمله سفره‌های آب زیرزمینی
- دگرگون نشدن کیفیت آبخوان‌ها
- عدم نیاز به انرژی فسیلی برای تخلیه آبخوان
- کیفیت خوب آب قنات‌ها در مقایسه با چاه‌های عمیق و اثر آن بر بهداشت محیط و سلامت انسان در برخی نواحی کشور، به ویژه نواحی خشک و نیمه خشک.
