تا دهه ۱۳۴۰ قناتها آب مزارع بیش از ۶۰ هزار روستای کشور را تامین می‌کردند. با ورود فناوری جدید، حفر چاه‌های عمیق جایگزین قنات شد و استفاده از موتور پمپ برای هدایت آب از عمق چاه به سطح زمین به تدریج رایج شد و این موضوع موجب بی‌مهری به قنات شد. حفر چاه‌های عمیق بدون برنامه‌ریزی در سال‌های گذشته باعث پایین رفتن سطح آب سفره‌های زیرزمین شده که این مسئله خشک شدن ۹۰ درصد از قناتها را به دنبال داشته است. برداشت‌های بی‌رویه توسط چاهها عامل اصلی خشکیدن آب قنات‌هاست؛ توجه نکردن به اجرای عمل لایروبی، اجرای پروژه‌های عمرانی مانند احداث شهرک‌ها، فرودگاه‌ها و … بدون توجه به وجود قناتها و خشکسالی و آلوده شدن آب قناتها از جمله عوامل دیگری است که قناتها را به ورطه نابودی کشانده است. به طوری که در اوایل دهه ٨٠ میزان آبدهی قناتها حدود ٧میلیارد مترمکعب بود و در کمتر از ٢٠ سال، ٣میلیارد مترمکعب آن را از دست داده‌ایم. قنات‌هایی که نقش خیلی مهمی در ایران مرکزی داشتند، به دلیل تغیرات اقلیمی و استفاده بی‌رویه از منابع آب زیرزمینی یکی پس از دیگری یا درحال خشک شدن هستند یا آبدهی‌شان را از دست می‌دهند. این ماجرا همزمان با بحران بی‌آبی و آمارهای ترسناکی که ارایه می‌شوند، نگاه‌ها را دوباره به سوی قناتها می‌برد.
قنات درمجموع در برابر زیاده‌خواهی مدرنیته آسیب‌پذیر است و نمی‌تواند با چاه عمیق و موتور پمپ رقابت کند. با این وجود، بعضی از کشورها قنات را به‌عنوان یک سیستم پایدار و بخشی از میراث فرهنگی پذیرفتند و تلاش کردند آن را حفظ کنند. یکی از این کشورها عمان است که قنات‌هایش را حفظ کرده و پنج تا از آنها را به ثبت میراث جهانی رسانده و یک موسسه تحقیقات قنات در دانشگاه ایجاد کرده است. بعضی از کشورها هم با اینکه قنات دارند، خیلی به آن اهمیت نمی‌دهند و وضع‌شان از ما بد‌تر است. مثلا کشورهای شمال آفریقا که الان هیچ قنات فعالی در آنها باقی نمانده. ما توجه نسبی به قنات داریم و وزارت کشاورزی بودجه‌ای برای مرمت و احیای قناتها اختصاص داده و وزارت نیرو از حریم آبی قناتها محافظت می‌کند.
استفاده از قنات ها به عنوان یک سیستم سنتی اگر چه ساده بوده و نیازی به صرف هزینه و انرژی مکانیکی ندارد اما همواره با مسائل و مشکلاتی مواجه بوده که حتی در موارد زیادی با خشک شدن و عدم استفاده از آن می انجامد. به طور کلی این مشکلات را می‌توان به سه دسته مشکلات ناشی از عوامل هیدرولوژی و ژئوهیدرولوژی، مشکلات فنی و مشکلات اجتماعی تقسیم نمود.
مشکلات ناشی از عوامل هیدرولوژی و ژئوهیدرولوژِی
یکی از بخش‌های متاثر شده از شرایط بلندمدت خشکسالی، منابع آب‌های زیرزمینی است. مهمترین عامل در ایجاد این پدیده به هم خوردن بیلان آب در اثر کاهش نزولات جوی است. روند بارندگی با گذشت زمان، سیر نزولی داشته به طوری که باعث کاهش تغذیه آب و در نتیجه افزایش عمق آب زیرزمینی شده است که این افزایش عمق آب زیرزمینی به نوبه خود باعث کاهش آبدهی قنات‌های کشور گردیده است.
صدور بی‌رویه پروانه بهرهبرداری، حفر بی‌رویه چاهها و حتی در مواردی حفر غیرمجاز آن و همچنین برداشت آب بیش از مقدار تعیین شده، شرایط را برای هر خشک شدن قناتها فراهم کرده است. افت سطح آب‌های زیرزمینی به دلیل وجود خشکسالی و حفر بی‌رویه چاه‌های عمیق و نیمه عمیق یکی از مهمترین مشکلات فنی بهرهبرداری از قناتها است. حفر این‌گونه چاهها در سفره‌هایی که مادرچاه و تره‌کار قناتها در آن قرار دارند باعث افت سطح ایستابی در آن منطقه و کاهش آبدهی قنات می‌شود که از مهمترین عوامل این گسترش استفاده از فناوری جدید و سهولت حفر چاه، تحت کنترل بودن آب خروجی از چاه و تسهیلات حمایتی از چاه‌های عمیق مانند تعرفه بسیار پایین برق چاه‌های کشاورزی است.
سیل نیز یکی از خطرات بالقوه برای قنوات است. قنات‌هایی که بخشی از مسیر آن در دره‌ها و مسیل‌ها قرار دارد به هنگام بروز سیل، آسیب‌های فراوانی دیده که ناشی از ورود سیلاب از راه میله‌های قنات است که علاوه بر تخریب میله‌های قنات، باعث گرفتگی قناتها در اثر رسوبات حمل شده نیز می‌شود.
مشکلات فنی
عدم تجهیز مناسب قناتها و عدم استفاده از مصالح و پوشش‌های لازم و مقاوم در میله‌ها و کوره که باعث ریزش می‌شود، باعث کاهش آبدهی قناتها شده است. در بسیاری از قناتها در قسمت‌هایی از کوره که خطر ریزش وجود دارد نیاز مبرم به کول‌گذاری می‌باشد و در تعدادی از قناتها نیز از کول‌های گلی استفاده شده که به علت عدم وجود استحکام لازم در این پوشش بایستی نسبت به تعویض آنها با کول‌های بتنی اقدام نمود. سنگ چینی یا آجرچینی میل چاهها به منظور جلوگیری از ریزش آنها نیز امری ضروری است. چرا که در تعدادی از قناتها ریزش میل چاهها باعث انسداد مسیر کوره شده است که خود هزینه‌های لایروبی مجدد را به مالکین تحمیل می‌کند. یکی دیگر از مشکلاتی که برخی از قنوات با آن مواجه هستند نبود زیرساختی مناسب در زیر کول‌ها در هنگام ساخت قناتها است که باعث نشست کول‌ها به مرور زمان در اثر فشارهای وارده از خاك بالای آن می‌باشد که این مشکل مخصوصاً در مکان‌هایی که نفوذ آب به زیر کول‌ها اتفاق افتاده و خاك زیرین قابلیت زهکشی را نداشته باشد، بیش از حد خواهد بود.
کاهش کیفیت منابع آب نیز یکی از چالش‌های اخیر برای قنات‌های کشور است. با توجه به استحصال آب در مناطق مختلف بخصوص از چاه‌های عمیق و نیمه عمیق موجود در منطقه و اضافه شدن قسمتی از همین آب استحصالی به آب زیرزمینی به صورت هرز آب‌های کشاورزی و حتی فاضلاب‌های شهری، تغییرات محسوسی در شوری آب قناتها مشاهده می‌شود.
تلفات آب استحصال شده هم یکی از چالش‌های آب و کشاورزی در ایران است. به دلیل نبود سازه‌های مناسب بعد از مظهر قنات جهت جلوگیری از تلفات آب خروجی و نداشتن سازه های ذخیره‌سازی همچون استخر جهت ذخیره آب در فصولی که آبیاری صورت نمی‌گیرد، درصدی از آب از بیشتر قناتها تلف می‌شود. هدر رفتن آب قناتها در ماههایی از سال است که نیازی به آب نیست و این موضوع مشکلی است که عمدتا در ماه‌های آذر، دی، بهمن و اسفند اتفاق می‌افتد و از اشکالات قنات می‌باشد در صورتی که در مورد چاه چنین نیست. همچنین نبود کانال‌های بتنی مناسب جهت هدایت آب به سر مزرعه نیز یکی دیگر از مشکلاتی است که به تلفات آب خروجی کمک می‌کند. رشد علف‌های هرز در مسیر انتقال آب نیز این مشکل را دو چندان کرده است. در پاره‌ای از موارد نیز نبود سازه‌هایی همچون حوضچه‌های رسوب‌گیر باعث ایجاد مشکلات بهرهبرداری ناشی از رسوبات در مسیر کانال‌ها گردیده‌اند.
به دلیل سنتی بودن کشاورزی در اغلب اراضی پایاب قنات، راندمان آب و بهره‌وری آب نیز در این اراضی کم است. ثابت بودن حقابه در طول فصل زراعی باعث می‌شود بین نیاز آبی محصولات و آب داده شده به آنها هماهنگی لازم وجود نداشته باشد. به طوری که معمولا در اواخر بهار و تابستان محصولات تحت تنش قرار می‌گیرند و این موضوع موجب افت زیادی در عملکرد می‌شود. در پاییز و زمستان نیز آبیاری بیش از نیاز منجر به نفوذ عمقی می‌گردد. این در حالی است که اغلب محصولات در این فصول به تنش آبی حساس نیستند.
نفوذ عمقی آب آبیاری در زمین‌های زیرکشت در روستاهای بالادست باعث تغذیه سفره و افزایش آبدهی قنات‌های پایین‌دست می‌شود. این عامل در تغذیه سفره‌های سطحی بسیار موثرتر بوده و در این شرایط با افزایش سطح زیرکشت در روستاهای بالادست آبدهی قنات افزایش می‌یابد. اما در سال‌های اخیر با افزایش استفاده از روش‌های آبیاری تحت فشار، تغذیه آبخوان در بالادست کاهش پیدا کرده است. پوشش گیاهی اطراف قنات علاوه بر ایجاد تاخیر در حرکت رواناب و افزایش فرصت برای نفوذ، در کاهش خطرات ناشی از سیلاب‌ها هم موثر است و از فرسایش خاك نیز جلوگیری می‌کند. اما در صورتی که بارندگی وجود نداشته و خشکسالی باشد بوته‌های خار برای قنات مخرب هستند؛ زیرا ریشه آنها قادر است تا ۴۰ متر در زمین نفوذ کند و در نتیجه وارد کوره قنات شده و باعث تخریب دیوار و ایجاد رسوب در کوره می‌شود.
رواج کشت‌های پر مصرف و افزایش بهره‌وری در اثر کشاورزی مدرنیزه با استفاده از سیستم‌های جدید که به راحتی امکان استفاده از آب زیرزمینی به هر مقدار و در هر مکان و زمانی را می‌دهد نیز یکی از دلایلی است که کشاورزان را به ترك استفاده از سیستم‌های منابع آبی قنات ترغیب می‌کند.
در نهایت تحولات کسب‌وکار و فناوری و تسهیل دسترسی به امکانات و خدمات مورد نیاز، موجب توجه بیشتر به حفر چاه و مهجور شدن قنوات شده است. تحول در نظام آبیاری با ورود شرکت‌های حفاری، تعمیرگاه‌ها و فروشگاه‌های لوازم یدکی مورد نیاز موتور و چاه که بیشتر در شهرها قرار دارند و مسئول رسیدگی به امور فنی چاه‌های موتوری هستند، صورت گرفته و به نوعی جایگزین مقنی در نظام سنتی شده‌اند. در حالی که مقنیات توانمند بسیار محدود گردیده و اغلب سن‌های آنها زیاد و توانایی‌شان کاهش پیدا کرده است. مشکل بالا بودن هزینه احیا و لایروبی در مورد قناتها به عنوان مشکل دیگر مطرح است. با توجه به خطرات شغلی مقنیان (که نیروهای متخصص این کار هستند) و درآمد کم آنها، جاذبه گرایش به این شغل به شدت کاسته شده، بطوری که بعضی از مقنیان مجبور به تعویض شغل خود شده‌اند. متروکه شدن روستاها به دلیل مهاجرت مردم به شهرها یکی دیگر از عواملی است که در عدم بهرهبرداری و حفظ برخی از قناتها مشاهده می‌شود.
مشکلات اجتماعی
قنات در پیوند با جغرافیا و تاریخ، اجتماع و اقتصاد، فرهنگ و باورهای هزارساله مردمی بوده است که در این سرزمین شکوفائی تمدنی و فرهنگی خود را آزموده است و در سخت‌ترین شرایط آب و هوایی ایران، آبادی‌های بهشت مانند فراوانی آفریده است. تلاشي كه بدون برخورداري از يك فرهنگ غني و برانگيزاننده امكانپذير نبوده است. همچنین بدلیل نقشی که قناتها در اقتصاد و جامعه ایران مرکزی داشتند، آنها را می‌توان فرهنگ آبیاری بخوانیم و این مرواریدهای روان را انگیزه‌ای برای برپایی و حفظ عنصری نیرومند در زمینه همیاری اجتماعی به شمار آوریم. یکی از خصوصیات جوامع انسانی، سازگاری با شرایط طبیعی محیط است. بنابراین جوامعی که در کناره رودخانه‌های فلات ایران سکنی گزیده‌اند، با تغییر اقلیم و محیط‌زیست سازگار شده و تبعا دچار تغییرات فرهنگی و تمدنی می‌گردند. با توسل به تکنیک و فناوری بومی قنات، سامانه تولید تغییر می‌کند. تغییر سامانه تولید هم به نوبه خود، شالوده‌های اقتصادی را دگرگون کرده و بسیاری از عناصر فرهنگی را دچار دگردیسی می‌نماید. این دگردیسی از نهادهای سیاسی تا خصائل اجتماعی، هنر و علم و … را در بر می‌گیرد. به عبارتی دیگر می‌توان گفت، فرهنگ و تمدن جوامع کنونی که در طول قرن‌ها بوجود آمده، نتیجه مجموعه عوامل طبیعی و انسانی و تکنولوژیکی است. شیوه‌های سنتی تولید، با شرایط جغرافیایی دارای حداکثر سازگاری است. شیوه‌های تولید به نوبه خود شالوده ساختارهای فرهنگی را می‌سازد و در تعیین روابط افراد با اجتماع و اجتماعات با یکدیگر موثر بوده است. از اینرو، قنات عنصری جدانشدنی از حیات اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی ایرانیان و جزو سرمایه‌های ملی به حساب می‌آید. با تغییر سازمان آبیاری و زراعی از سنتی به شکل امروزی، به عنوان یکی از ابعاد مهم توسعه، مشارکت تحت تأثیر قرار گرفته است. اساس توسعه پایدار بر مبنای مشارکت دادن مردم در تمامی مراحل تصمیم‌سازی، تصمیم‌گیری و اجرا شکل می‌یابد. این برنامه‌ها از نیروی حرفه‌ای برای بهبود شرایط و مشکلات بومی برای دست‌یابی به نتایج بهتر و ضمانت بلندمدت آن بهره می‌گیرد.
تأسیسات گوناگون و وسایل مختلف امروزین بهرهبرداری از آب، تا حد زیادی با نظام سنتی تقسیم و توزیع و بهرهبرداری از منابع آب هماهنگ نیست. در این بین، یکی از دستاوردهای دنیای غرب برای ایرانی‌ها ورود پمپ آب بود و از طریق پمپ این امکان به وجود آمد تا آب‌های زیرزمینی با حفر چاه‌های عمیق، بیش از حد مجاز استخراج و بدین ترتیب سفره‌های آب زیرزمینی تهدید شود هرچند امروزه تلاش مي‌شود تا توجه ويژه‌اي به احياء و حفاظت از قناتها شود. اما، هنوز هم بسياري از آنها در معرض خطر آلودگي و خشک شدن هستند.
به طور کلی از هم پاشیدن روابط پیچیده اجتماعی و مبتنی بر روح خودیاری و تعاون و جایگزینی روابط ساده که بیشتر مبتنی بر روابط مالی و اقتصادی است، می‌تواند به عنوان مهمترین عوامل از بین رفتن سازمان آبیاری سنتی قلمداد شود. مزیت اصلی که به‌تبع وجود قناتها ایجاد می‌شد، مشارکت همگانی ذی‌نفعان و بهره‌برداران محلی در حفظ، احیا و مدیریت منابع آب زیرزمینی بود. بعضی از قناتها در ایران در حدود ۳۰ قرن به‌طور مردمی اداره شده‌اند و دولت‌ها کمترین دخالت و نقشی در حفر، بهرهبرداری، محافظت، احیاء و نظام تخصیص آب نداشته‌اند. این مزیت سبب مدیریت واحد و در عین حال مشارکتی بر منابع آب و زمین و تعادل در بهرهبرداری از این دو در حین عملیات کشاورزی در یک حوضه آبریز می‌شده است. نظام ارباب رعیتی در مناطق روستایی نیز به نوبه خود این سازوکار را تقویت می‌کرد. مالکین بزرگی که زمین‌های آنان در یک دشت یا یک حوضه آبریز واقع بود، با هماهنگی یکدیگر و با هزینه خود اقدام به حفر قنات و کانال انتقال آب کرده و به‌کمک نیروی انسانی تحت امر خود (رعایا) آن را لایروبی و از آن محافظت می‌کردند. سطح ایستابی سفره‌های زیرزمینی بدین شیوه به‌طور مستمر و متمرکز، مدیریت و پایش شده و همگان برای بهبود آن تلاش می‌کردند. چرا که تعادل‌بخشی به آبخوان به‌سود کشاورزی همه ذی‌نفعان بود. شرایط تاریخی ذکر شده علی‌رغم وجود سختی‌‌ها و مشکلات خود، باعث به هم پیوستگی در مدیریت آب و زمین در کشاورزی شده و بخش کشاورزی در کشور ما منابع آب مورد نیاز خود را، خود مدیریت می‌کرد.
در سال ۱۳۴۱ و با شروع انقلاب سفید در کشور، این نظم یادشده در مدیریت یکپارچه به‌هم خورد. اصل اول از اصول نوزده‌گانه که از آن به‌عنوان مهمترین اصل یاد می‌شود، اصلاحات ارضی نام داشت. این قانون، مالکین را مجبور به فروش زمین‌های خود به دیگران نمود و به‌رغم مقاومت‌ها و مخالفت‌های اولیه ملاکین، درظاهر موجب شد که درصدی از دهقانان و کشاورزانی که به‌عنوان رعیت، بر روی زمین‌های مالکین کار می‌کردند، به‌طور رایگان صاحب زمین شده و مابقی نیز به‌ناچار به شهرها مهاجرت کنند. مالکین نیز طبق قانون در ازای بهای اراضی خود، از رژیم وقت سهام کارخانه‌های دولتی دریافت کردند. اما هرچه زمان از این واقعه سیاسی-تاریخی گذشت، جلوه‌های جدیدی از اثرات منفی آن بر مسائل اجتماعی و اقتصادی در بخش کشاورزی مشاهده شد. مفهوم خرده مالکی شکل گرفت و با حذف خان، مدیریت یکپارچه زمین‌های کشاورزی از بین رفت. در سایه فقدان مدیریت یکپارچه، هرکدام از صاحبان جدید زمین‌های خرد، به سراغ الگوی کشت مورد سلیقه خود رفته و پس از فوت او، زمین به‌جامانده بین ورثه تقسیم‌شده و بازهم کوچک‌تر می‌شد. با از بین رفتن نظام اجتماعی گذشته، علاقه به فعالیت فردی به استحصال منابع آب هم تسری پیدا کرد و هر بهره‌بردار علاقه‌مند بود با حفر چاه، مستقل از سایرین به فعالیت بپردازد.
پس از اصلاحات ارضی، قوانین متعددی برای احیای مدیریت یکپارچه زمین‌های زراعی در کشور و ترغیب صاحبان زمین‌های خرد به تجمیع زمین‌ها وضع شد، ولی به‌گواه وضع موجود هیچ‌کدام نتوانست اثرات از بین رفتن مدیریت یکپارچه زمین پس از اصلاحات ارضی را کمرنگ کند. مضافاً بر اینکه خرده مالکی موجب عدم مدیریت یکپارچه آب نیز شد. به خاطر سطح مالی پایین رعیت‌های تازه مالک شده، قناتها و کانال‌ها رها شدند. زیرا از یک‌سو هزینه بالای نگهداری و لایروبی آنها برای مالکین خُرد قابل پرداخت نبود و از سویی دیگر همزمان با سیاست‌های ارزی دولت و تکیه‌بر قدرت فروش نفت و اعطای یارانه انرژی در کل کشور، واردات دستگاه‌های صنعتی حفاری چاه به‌کشور آغاز شد و کشاورزان کم‌کم به گزینه ارزان‌تر و اختصاصی یعنی حفر چاه رغبت بیشتری نشان دادند. پس از انقلاب اسلامی نیز تشویق کشاورزان به توسعه سطح زیرکشت و بهرهبرداری از آب، به این وضعیت دامن زد.
از دیگر نتایج مدیریت دولتی فعلی، از بین رفتن حس تعلق کشاورزان به آب و حریص شدن آنان به بهرهبرداری هرچه ممکن از منابع آب و بعضاً دست یازیدن به روش‌های مخفیانه و غیرقانونی است. چرا که دیگر به جای خود، دولت را مالک و مدیر آب کشور می‌بینند. مدیریت مشارکتی اشاره‌شده در سابقه تاریخی کشور، به‌کلی از بین رفت و جای خود را به مدیریت فردی منابع آب داد. ارزش کار و فعالیت هر فرد یا رکنی در سازمان آبیاری ناشی از چاه بر اساس حقوق و پولی تعیین می‌شود که به او پرداخت می‌گردد. به هر ترتیب چاه‌های موتوری به عنوان یک پدیده نوین وارد عرصه روستاها شده و زمینه را برای تحولات متعدد چه به لحاظ اجتماعی- اقتصادی و چه به لحاظ زیست‌محیطی فراهم نموده است. ارکان سازمان آبیاری چاه‌های موتوری عبارتند از سازمان‌های دولتی ذیربط، شرکت‌های حفاری، فروشگاه‌ها و تعمیرگاه لوازم یدکی، تعمیرکار و مالکان آب که این ارکان، غیر از مالکان، وابستگی خاصی به منبع آب ندارند و دریافت پول و دستمزد مشخص است؛ در حالی که در نظام سنتی آبیاری بیشتر ارکان خود نیز سهم‌بر آب بوده‌اند و همیاری و مشارکت ویژگی اصلی آن بوده است.
علت بعدي اين است كه قنات كاركرد اقتصادي خود را از دست داده است. قنات روزگاري به علت ايفاي نقش در اقتصاد كشاورزي مولد ثروت بود و لذا توجهات به آن معطوف مي‌گشت. تجار يزدي معمولا يك سوم از سرمايه خود را صرف احداث قنات و ايجاد مزرعه مي‌نمودند. چرا كه بر ارزش اقتصادي آن واقف بودند و مي‌دانستند كه به محض جاري شدن آب، زارعين براي اجاره نمودن آب به مزارع جديد الاحداث با يكديگر رقابت مي‌نمودند. شاهد ديگر اينكه در زمان رضاشاه بخش عمده‌اي از غرامت‌هاي مالياتي را ماليات‌هايي كه بر اراضي كشاورزي وضع مي‌شدند تشكيل مي‌داد. به عبارت ديگر اين قنات بود كه موجب پرداخت ماليات مي‌شد. پرواضح است كه ماليات به سراغ درآمد مي‌رود و غرامت در جايي هست كه سرمايه هست و قنات يكي از آنهاست. حال قنات به دلايل تغيير سازوكارهاي اجتماعي و اقتصادي ارزش خود را از دست داده است و بعضي صرف پول را نه تنها براي احداث آن بلكه براي ترميم و مرمت آن نيز اتلاف منابع مي‌دانند. قنات ديگر مولد ثروت نيست. بنابراين مرمت و نگهداري آن پرداخت نمي‌شود. ديگر كاركردن در قنات و استحصال آب ارزش نيست. بنابراين مقني تربيت نمي‌شود. قنات نقش‌آفرين نيست. بنابراين حريم آن نيز مورد حفاظت قرار نمي‌گيرد. قنات در گذشته شاهرگ حياتي يك روستا و حتي شهر را تشكيل مي‌داد. تهديد قنات در رديف تهديد جامعه محسوب مي‌گرديد و مرگ آن معادل بود با فناي سكونتگاه مرتبط با آن. بنابراين بيشترين همكاري را و مساعدت براي ادامه بقاي آن صورت مي‌پذيرفت و همين موضوع پيوندهاي اجتماعي را تقويت مي‌نمود؛ حال آن جرعه از طريق پمپ به سفره‌ها متصل شده است. بنابراين در برابر فنا و يا بقاي قنات بي‌تفاوت شده است. به عبارت ديگر در شرايط فعلي انگيزه‌اي براي حفظ قنات باقي نمانده است. بنابراين حريم آن حفظ نمي‌شود و دانش آن نيز نسل به نسل منتقل نمي‌گردد و ديگر خبره و مقني تربيت نمي‌شود.
از مشکلات مهم دیگر، عدم نگهداری صحیح و مناسب قنات یکی به علت عدم تامین اعتبار لازم و مشکلات مالی بهره برداران و دیگری به خاطر عدم توافق و هماهنگی بین آنها می‌باشد. تعدد مالکین باعث بروز مشکل در هماهنگی و مدیریت شده است. به طور کلی لایروبی سالیانه و بازدیدهای ماهانه یا چند ماه یک بار و مرمت قسمت‌های آسیب دیده نقش مهمی در حفظ قنات و کارایی آن دارند و بهتر است تامین اعتبار به گونه‌ای باشد که کار تعمیر و مرمت قنات بطور کامل انجام شود و نیمه کاره رها نشود. اگر چه در چند دهه اخیر دولت به تدریج وظیفه خود دانسته که برای بازسازی و لایروبی قناتها اقدام کند، ولی با مشکلات مالی این موضوع نیز در اولویت‌های پایین‌تری قرار گرفته است. علاوه بر این دولت با اجراي برنامه‌هاي عمراني از قبيل احداث شهرک‌ها و توسعه شهرها، جاده‌سازی، فرودگاه و … بدون توجه به وجود قناتها و در نتیجه عدم حفاظت حريم آنها هنگام اجرای طرح‌هاي عمراني، نهایتا موجب خشک شدن يا مرگ تدریجی قناتها شده است.
بر اساس قانون توزیع عادلانه آب، صاحبان قنات در صورت خشک شدن یا کاهش شدید آبدهی قنات می‌توانند مجوز حفر چاه دریافت نمایند که این امر موجب می‌شود که کشاورزان نسبت به حفظ و نگهداری قناتها بی توجه بوده و حتی جهت دریافت مجوز حفر چاه عمداً به تخریب و خشک کردن قناتها دست زنند. از دیگر مشکلات اجتماعی، مشاعی بودن قنات‌های عمومی است که عامل اصلی بی توجهی بهره‌برداران و کشاورزان به نگهداری صحیح از قنات و سازه‌های مربوط به آن بود. این مشکل در قنات‌های شخصی مشاهده نمی‌شود. در برخی موارد وراث قناتها به شهرها مهاجرت نموده و در مدیریت قنات اختلال بوجود می‌آید؛ چرا که این افراد در شهرها به کارهای دیگری مشغول هستند و با توجه به سختی وهزینه‌های بالای نگهداری تمایل چندانی به حفظ و مرمت قناتها ندارند. برخی از مالکین از پرداخت سهم خود جهت هزینه‌های لایروبی و حق میراب خودداری می‌کنند و به این ترتیب در نگهداری قنات مشکل به وجود می‌آید.
کریمان اولین خیریه تخصصی در حوزه آب است و اولویت ما کارهایی است که باعث احیاء قنات و آبرسانی برای مصارف شرب و کشاورزی می شود.
