مهاجرت یکی از تبعات بحران آب در خراسان جنوبی می باشد که این امر به عنوان یك پدیده و چالش اجتماعی رو به گسترش است و باعث شده مردم استان از روستاها و شهرهای كوچك به شهرهای بزرگتر مثل بیرجند و حتی به استان خراسان رضوی و تهران بار سفر طولانی مدت ببندند.
در حال حاضر ۱۸۵۲ روستای استان خالی از سکنه شدهاند. عمده مهاجران استان جوانان روستایی و شهرهای كوچكی هستند كه برای ادامه تحصیل در مقاطع بالاتر یا برای كار در واحدهای تولیدی، صنعتی و خدماتی قدم به شهر گذاشتهاند و اغلب حاضر به برگشت دوباره به روستا نیستند. مسئله مهاجرت در خراسان جنوبی در دو دهه اخیر به دلیل بروز خشكسالی نسبت به گذشته شدت بیشتری پیدا كرده است. بیكاری، پایین بودن درآمد، كاهش بارندگی، خشك شدن یا كاهش آبدهی منابع آبی، كمبود زمین، خشكسالی، تاثیر بادهای ۱۲۰روزه سیستان، افزایش عرصههای بیابانی، تهدید ریزگردها و تحصیل مهمترین دلایل مهاجرت از این استان است. اگر چه اصلیترین عامل مهاجرت کمبود آب برای کشاورزی است ، اما مساله آب شرب روستاها نیز چالشی جدی است. به طوری که همانگونه که بیان شد آب مورد نیاز ساكنان ۴۵۴ روستا و آب شرب تعدادی از عشایر استان با تانكرهای سیار تامین میشود.
مهاجرت جوانان روستایی، تاثیر منفی بر بافت جمعیتی روستاها و آبادیهای استان نیز گذاشته است. آنها پس از مدتی با گرفتار شدن در زندگی شهری و مزایای آن، كمتر حاضر به ازدواج با دختران روستایی هستند. به همین دلیل اكنون تعداد دختران سن بالا كه به آنها از لحاظ اجتماعی «پیر دختر» گویند، در روستاهای استان رو به افزایش است، كمتر جوانی حاضر به ازدواج با این گروه از دختران است که میتواند باعث دگرگونی فرهنگی نیز شود.
