به دلیل خشکسالی و همچنین کمبود و بهرهبرداری نامناسب از منابع آب و رواج خردهمالکی و عدم استفاده از فناوریهای مناسب، سطح زیرکشت استان ظرفیت تامین معیشت جمعیت رو به رشد استان را نداشته است. به همین جهت روستاهای استان تخلیه شده و سهم اشتغال در بخش کشاورزی استان از حدود ۳۸ درصد در سال ۹۱ به کمتر از ۳۳ درصد در سال ۹۵ رسیده است و این روند کاهشی ادامه دارد.
اقليم غالب استان فراخشک بوده كه در قسمتهايی از شمال شرق و شرق استان اقليم به نيمه خشک شديد تغيير مینمايد. ميانگين بارندگی استان در دوره درازمدت ۱۱۴.۶ ميليمتر بوده كه بيشترين بارندگی به نواحی شمال استان و كمترين آن به نواحی غربی و جنوبی بدليل مجاورت با كوير مربوط میشود.
اگر چه وابستگی استان خراسان جنوبی به آب در درجه اول به منابع آب زیرزمینی است اما رودهایی نیز در این استان وجود دارند که مورد بهرهبرداری قرار میگیرند. به علت بارش محدود، کمآبی از شمال به جنوب استان خراسان جنوبی شدیدتر میشود. بسیاری از رودها در سرشاخهها آب دائمی دارند ولی در جنوب به کمترین مقدار خود میرسد. مهمترین رودهای استان که در چهار حوضه آبریز اصلی جریان دارند عبارت از رود شور قائن، رودخانه حاجیآباد، رود زو، رود بلده، رودخانه فخرود، رود بندان و رودخانه شور بیرجند هستند.
در محدوده استان خراسان جنوبی ۴۴ محدوده مطالعاتی وجود دارد كه ازاين تعداد، ۳۲محدوده مطالعاتی دارای آبخوان هستند که از این میزان تنها ۲۸ آبخوان دارای شبکهبندی تيسن هستند. از اين بین ۸ محدوده مطالعاتی فردوس، سربيشه، طبس، بيرجند، گزيک-آواز، اسفدن، خضری و درميان-اسدآباد دارای دو آبخوان و ۹ محدوده مطالعاتی ديهوک و چاهک موسويه دارای سه آبخوان هستند.
افت تراز آبخوانهای استان و کاهش آبدهی قنوات و چاهها موجب مشکلاتی جدی برای مردم این استان شده است. با توجه به اضافه برداشت کنونی از منابع آب استان، در سالهای آینده این وضعیت پر چالشتر خواهد شد.
